시크제네시스에서 제공하고 있는 바이오인포메틱스 서비스
현재 생명과학과 중개의학(Translational Medicine)의 다양한 연구분야에서 적용되고 있는 대부분 차세대 염기서열 분석법 (NGS)에 기반한 연구 데이터와
Gene Expression, Genotyping, 및 DNA Methylation용 마이크로어레이(Microarray) 데이터의 기본 분석, 심화 분석 및 응용 분석을 수행할 수 있는 경험과 역량을 보유하고 있습니다.
특히, 일반적인 분석의 범위를 넘어서는 연구자(고객) 특이적인 Customized 분석 요구에 대하여도,
축적된 경험과 전문성을 기반으로 긴밀한 상담을 통하여 만족도 높은 결과를 제시하고 있습니다.
그 적용 범위는 인간과 모델 동식물, 농업용 곡물과 과수를 포함한 식물, 박테리아와 바이러스를 포괄하는 전 생물영역에 이르고 있습니다.
| Category level I (Code) | Category level II (Code) | Category level III (Code) |
| NGS data analysis (S) | DNA sequencing (SD) | De novo genome sequencing (SDD) |
| Whole genome resequencing (SDR) | ||
| Exome sequencing (SDE) | ||
| RNA sequencing (SR) | Targeted sequencing (SDT) | |
| Genotyping by sequencing (SDG) | ||
| Transcriptome sequencing(mRNA+ncRNA) (SRT) | ||
| mRNA sequencing (SRM) | ||
| Small RNA sequencing(miRNAs) (SRS) | ||
| Pathogenic microbial/virus RNA sequencing (SRP) | ||
| Epigenome sequencing (SE) | Whole genome bisulfite sequencing (SEB) | |
| Reduced representative bisulfite wequencing (SER) | ||
| Targeted bisulfite sequencing (SET) | ||
| MeDIP/MBD-Seq (SEM) | ||
| ChIP-Seq (protein binding/histone mod.) (SEC) | ||
| Microbial metagenome sequencing (SM) | SSU rRNA PCR-based population analysis (SMP) | |
| Metagenome based analysis (SMM) | ||
| Array data analysis (A) | Expression array (AE) | |
| Genotyping array (AG) | ||
| Methylation array (AM) | ||
| Web/database construction (W) | Web page development for general home page (WH) | |
| Bio-database development (WB) | ||
| Diagnostic kit/array design (D) | Diagnostic array design for crop-infection viruses (DVC) | |
| High density diagnostic array design for virus/bacteria (DVB) | ||
| Customized diagnostic array design (DC) | ||
DNA Sequencing (SD)
De novo sequencing, whole genome resequencing, exome sequencing, targeted sequencing, genotyping by sequencing등 다양한 목적을 위하여 생산된 NGS 기반의 데이터 분석을 통하여, 유전체 서열과 그 서열 내에 존재하는 단일염기다형성 (SNVs), 삽입 및 삭제 (Indels), 반복서열 (Repeats), 구조적 변이 (structural variations), 복제수변이 (CNVs) 등의 변이들과, 그 변이들이 암 (cancer)과 같은 유전 질병을 포함하는 다양한 형질과 관련된 기능적 연관성, 나아가서 육종과 집단유전체 및 진화 분석을 위한 기본적인 유전체 변이 분석 및 심화분석을 수행합니다.
RNA Sequencing (SR)
Transcriptome sequencing (mRNA+ncRNA), mRNA sequencing, small RNA (주로 miRNAs) sequencing 등, 단백질 암호화 유전자(coding mRNAs), 비암호화 유전자 (long non-coding RNAs), 및 마이크로 RNA를 포함하는 small RNA 유전자들의 발현을 단편적으로, 또는 통합하여 정성적/정량적으로 분석하며, 다른 오믹스 (omics) 데이터와의 통합 분석을 수행하기도 합니다. 또한, 숙주에 감염된 병원성 세균/바이러스 등의 분포와 변종 및 신종의 발견을 위한 Pathogenic microbial/virus RNA sequencing and analysis도 경쟁력 있는 서비스 분야 입니다
Epigenome Sequencing (SE)
Whole genome bisulfite sequencing (WGBS), reduced representative bisulfite sequencing (RRBS), targeted bisulfite sequencing, 또는 MeDIP/MBD-Seq 데이터 분석을 통하여, 유전체 DNA내 염기들의 methylation상태와 그에 따른 유전자 발현조절 및 생물학적 영향력과 의의를 후성유전체학(Epigenomics)적 연구 차원에서 분석합니다. 또한, ChIP-Seq 데이터 분석을 통하여, 전사인자 (transcription factors)를 포함하는, DNA와 상호작용하는 단백질들의 binding site나 binding motif 분석 및 functional category분석을 수행하며, gene expression의 regulation과 직/간접적으로 관련이 있는 다양한 histone modification현상을 분석합니다.
Microbial Metagenome Sequencing (SM)
다양한 환경과 조건에서 확보한 미생물 포함 시료들에 대하여 SSU rRNA에 대한 PCR-based population analysis 및 metagenome sequencing-based analysis를 통하여, 미생물의 군집 (microbiota)분석과 샘플에 포함된 유전자들의 정성적/정량적/기능적 분석을 기초연구 차원에서 기본적으로 수행하며, 프로바이오틱스 (probiotics)등의 적극적 응용분야에 적용을 위한 고성능 데이터 분석 및 분류 시스템을 개발하고 있습니다.
Expression array (AE), Genotyping array (AG), and Methylation array (AM) Data analysis
마이크로어레이 기술을 적용하여 진행해오던 대부분의 high-throughput 데이터 기반 연구들이 현재는 저렴해진 NGS기술의 비용적 경쟁력과 기술적 우월성으로 인하여 상당부분 NGS 기반의 기법으로 대체되고 있는 상황입니다. 그러나, 과거 생산되어 분석 저장된 데이터들과의 호환성, 적용의 편의성 및 경제성 등으로 인하여, 마이크로어레이 기반 기술은 여전히 생명과학과 진단 등의 분야에 널리 사용되고 있으며, 시크제네시스는 유전자 발현 분석 (expression analysis), 유전형 검사 (genotyping), 및 DNA 메틸레이션 분석 (DNA methylation analysis)에 적용되고 있는 다양한 종류의 마이크로어레이 데이터의 분석에도 풍부한 경험과 역량을 보유하고 있습니다.
Web/Database construction (W)
시크제네시스는 식물 유전체 정보 데이터베이스, 곡물 육종지원 시스템, 유전체 연구사업단 홈페이지, 웹 기반 유전자 합성 시스템, 임상 미생물체 데이터베이스, 병원성 세균 유전정보 데이터베이스 등, 다년간 다양한 국가 연구소와 기업의 홈페이지 및 전문 생물정보 데이터베이스를 개발 및 구축해 온 경험이 있습니다. 전문 생물정보 데이터베이스 및 웹 사용자 인터페이스 (web user interface) 시스템의 개발은, 다양하고 전문적인 생물정보의 종류 및 형태, 의미, 연계 분석에의 활용성, 데이터 특이적 검색 및 시각화 측면에서 일반 웹 페이지나 데이터베이스와 차별화 되는 면이 있으며, 개념 설계 단계에서부터 전문적인 생물정보학자의 참여가 전문 생물정보 데이터베이스와 웹 검색 시스템의 효율성과 완성도를 좌우한다고 할 수 있습니다. 경험을 통하여 축적된 시크제네시스의 생물정보 데이터베이스 설계 및 구현 능력은 효율적인 전문 생물정보 및 유전정보 데이터베이스 및 웹 검색 시스템의 구축이 필요한 연구자, 연구기관 또는 연구자 그룹에게 성공적이고 효과적인 선택 옵션이 될 것입니다.
Diagnostic kit/array design (D)
다양한 임상 및 연구 현장에서 정확하고 재현성 있는 생물학적 및 임상학적 데이터를 신속하게 생산하고 활용해야 하는 경우가 많습니다. PCR기법을 기반으로 하는 진단 kit, 또는, molecular hybridization기법을 적용한 진단용 저밀도/고밀도 마이크로어레이가 효과적으로 사용되고 있으며, 시크제네시스는 작물 바이러스 진단용 어레이, 고밀도 바이러스/세균 진단용 어레이, 진단용 커스텀 어레이 등의 설계와 제작에 풍부한 경험을 보유하고 있습니다. 신속하고 정확한 분자진단을 저렴하게 대량으로 진행해야 하는 진단용 마이크로어레이를 설계 제작해야 한다면, 시크제네시스와의 협업이 효과적인 방안이 될 수 있습니다.