Bioinformatics

시크제네시스에서 제공하고 있는 바이오인포메틱스 서비스

 

현재 생명과학과 중개의학(Translational Medicine)의 다양한 연구분야에서 적용되고 있는 대부분 차세대 염기서열 분석법 (NGS)에 기반한 연구 데이터와
Gene Expression, Genotyping, 및 DNA Methylation용 마이크로어레이(Microarray) 데이터의 기본 분석, 심화 분석 및 응용 분석을 수행할 수 있는 경험과 역량을 보유하고 있습니다.

특히, 일반적인 분석의 범위를 넘어서는 연구자(고객) 특이적인 Customized 분석 요구에 대하여도,
축적된 경험과 전문성을 기반으로 긴밀한 상담을 통하여 만족도 높은 결과를 제시하고 있습니다.
그 적용 범위는 인간과 모델 동식물, 농업용 곡물과 과수를 포함한 식물, 박테리아와 바이러스를 포괄하는 전 생물영역에 이르고 있습니다.

 

Category level I (Code) Category level II (Code) Category level III (Code)
NGS data analysis (S) DNA sequencing (SD)

De novo genome sequencing (SDD)
Whole genome resequencing (SDR)
Exome sequencing (SDE)
RNA sequencing (SR) Targeted sequencing (SDT)
Genotyping by sequencing (SDG)
Transcriptome sequencing(mRNA+ncRNA) (SRT)
mRNA sequencing (SRM)
Small RNA sequencing(miRNAs) (SRS)
Pathogenic microbial/virus RNA sequencing (SRP)
Epigenome sequencing (SE) Whole genome bisulfite sequencing (SEB)
Reduced representative bisulfite wequencing (SER)
Targeted bisulfite sequencing (SET)
MeDIP/MBD-Seq (SEM)
ChIP-Seq (protein binding/histone mod.) (SEC)
Microbial metagenome sequencing (SM) SSU rRNA PCR-based population analysis (SMP)
Metagenome based analysis (SMM)
Array data analysis (A) Expression array (AE)
Genotyping array (AG)
Methylation array (AM)
Web/database construction (W) Web page development for general home page (WH)
Bio-database development (WB)
Diagnostic kit/array design (D) Diagnostic array design for crop-infection viruses (DVC)
High density diagnostic array design for virus/bacteria (DVB)
Customized diagnostic array design (DC)

DNA Sequencing (SD)

De novo sequencing, whole genome resequencing, exome sequencing, targeted sequencing, genotyping by sequencing등 다양한 목적을 위하여 생산된 NGS 기반의 데이터 분석을 통하여, 유전체 서열과 그 서열 내에 존재하는 단일염기다형성 (SNVs), 삽입 및 삭제 (Indels), 반복서열 (Repeats), 구조적 변이 (structural variations), 복제수변이 (CNVs) 등의 변이들과, 그 변이들이 암 (cancer)과 같은 유전 질병을 포함하는 다양한 형질과 관련된 기능적 연관성, 나아가서 육종과 집단유전체 및 진화 분석을 위한 기본적인 유전체 변이 분석 및 심화분석을 수행합니다.

RNA Sequencing (SR)

Transcriptome sequencing (mRNA+ncRNA), mRNA sequencing, small RNA (주로 miRNAs) sequencing 등, 단백질 암호화 유전자(coding mRNAs), 비암호화 유전자 (long non-coding RNAs), 및 마이크로 RNA를 포함하는 small RNA 유전자들의 발현을 단편적으로, 또는 통합하여 정성적/정량적으로 분석하며, 다른 오믹스 (omics) 데이터와의 통합 분석을 수행하기도 합니다. 또한, 숙주에 감염된 병원성 세균/바이러스 등의 분포와 변종 및 신종의 발견을 위한 Pathogenic microbial/virus RNA sequencing and analysis도 경쟁력 있는 서비스 분야 입니다

Epigenome Sequencing (SE)

Whole genome bisulfite sequencing (WGBS), reduced representative bisulfite sequencing (RRBS), targeted bisulfite sequencing, 또는 MeDIP/MBD-Seq 데이터 분석을 통하여, 유전체 DNA내 염기들의 methylation상태와 그에 따른 유전자 발현조절 및 생물학적 영향력과 의의를 후성유전체학(Epigenomics)적 연구 차원에서 분석합니다. 또한, ChIP-Seq 데이터 분석을 통하여, 전사인자 (transcription factors)를 포함하는, DNA와 상호작용하는 단백질들의 binding site나 binding motif 분석 및 functional category분석을 수행하며, gene expression의 regulation과 직/간접적으로 관련이 있는 다양한 histone modification현상을 분석합니다.

Microbial Metagenome Sequencing (SM)

다양한 환경과 조건에서 확보한 미생물 포함 시료들에 대하여 SSU rRNA에 대한 PCR-based population analysis 및 metagenome sequencing-based analysis를 통하여, 미생물의 군집 (microbiota)분석과 샘플에 포함된 유전자들의 정성적/정량적/기능적 분석을 기초연구 차원에서 기본적으로 수행하며, 프로바이오틱스 (probiotics)등의 적극적 응용분야에 적용을 위한 고성능 데이터 분석 및 분류 시스템을 개발하고 있습니다.

Expression array (AE), Genotyping array (AG), and Methylation array (AM) Data analysis

마이크로어레이 기술을 적용하여 진행해오던 대부분의 high-throughput 데이터 기반 연구들이 현재는 저렴해진 NGS기술의 비용적 경쟁력과 기술적 우월성으로 인하여 상당부분 NGS 기반의 기법으로 대체되고 있는 상황입니다. 그러나, 과거 생산되어 분석 저장된 데이터들과의 호환성, 적용의 편의성 및 경제성 등으로 인하여, 마이크로어레이 기반 기술은 여전히 생명과학과 진단 등의 분야에 널리 사용되고 있으며, 시크제네시스는 유전자 발현 분석 (expression analysis), 유전형 검사 (genotyping), 및 DNA 메틸레이션 분석 (DNA methylation analysis)에 적용되고 있는 다양한 종류의 마이크로어레이 데이터의 분석에도 풍부한 경험과 역량을 보유하고 있습니다.

Web/Database construction (W)

시크제네시스는 식물 유전체 정보 데이터베이스, 곡물 육종지원 시스템, 유전체 연구사업단 홈페이지, 웹 기반 유전자 합성 시스템, 임상 미생물체 데이터베이스, 병원성 세균 유전정보 데이터베이스 등, 다년간 다양한 국가 연구소와 기업의 홈페이지 및 전문 생물정보 데이터베이스를 개발 및 구축해 온 경험이 있습니다. 전문 생물정보 데이터베이스 및 웹 사용자 인터페이스 (web user interface) 시스템의 개발은, 다양하고 전문적인 생물정보의 종류 및 형태, 의미, 연계 분석에의 활용성, 데이터 특이적 검색 및 시각화 측면에서 일반 웹 페이지나 데이터베이스와 차별화 되는 면이 있으며, 개념 설계 단계에서부터 전문적인 생물정보학자의 참여가 전문 생물정보 데이터베이스와 웹 검색 시스템의 효율성과 완성도를 좌우한다고 할 수 있습니다. 경험을 통하여 축적된 시크제네시스의 생물정보 데이터베이스 설계 및 구현 능력은 효율적인 전문 생물정보 및 유전정보 데이터베이스 및 웹 검색 시스템의 구축이 필요한 연구자, 연구기관 또는 연구자 그룹에게 성공적이고 효과적인 선택 옵션이 될 것입니다.

Diagnostic kit/array design (D)

다양한 임상 및 연구 현장에서 정확하고 재현성 있는 생물학적 및 임상학적 데이터를 신속하게 생산하고 활용해야 하는 경우가 많습니다.  PCR기법을 기반으로 하는 진단 kit, 또는, molecular hybridization기법을 적용한 진단용 저밀도/고밀도 마이크로어레이가 효과적으로 사용되고 있으며, 시크제네시스는 작물 바이러스 진단용 어레이, 고밀도 바이러스/세균 진단용 어레이, 진단용 커스텀 어레이 등의 설계와 제작에 풍부한 경험을 보유하고 있습니다. 신속하고 정확한 분자진단을 저렴하게 대량으로 진행해야 하는 진단용 마이크로어레이를 설계 제작해야 한다면, 시크제네시스와의 협업이 효과적인 방안이 될 수 있습니다.